Бройлеры разведение: Разведение кур бройлеров в домашних условиях для начинающих

Каждый из перечисленных здесь сортов может содержаться в курятнике или тракторе на пастбище.В отличие от кур-несушек, для цыплят-бройлеров не нужно строить насесты. Корнуолл-Кросс не может устроиться на насест из-за своего веса, хотя низкая насадка для насеста для других разновидностей — это нормально.

Бройлерной птице, выращиваемой в курятнике или стойле, требуется подстилка, которая хорошо впитывает отходы. Из-за того, сколько корма потребляют эти птицы, необходимо регулярно менять подстилку. Подстилка из сосны идеально впитывает отходы и сводит к минимуму запахи.

Птицы, которым разрешено находиться на свободном выгуле, часто возвращаются в курятник на ночлег.

Выращивание цыплят-бройлеров на пастбищах несложно. Совет: сконструируйте трактор, который будет легким по весу, чтобы его было легче передвигать. В идеале тракторы следует перемещать ежедневно, чтобы цыплята-бройлеры могли поедать свежую траву.

Основным фактором при выращивании цыплят-бройлеров является уровень предлагаемого протеина. Корм с высоким содержанием белка способствует быстрому росту.

Однако не существует правильного или неправильного метода кормления мясных цыплят.Многие будут кормить 24 часа в сутки, в то время как другие кормят по плану на 12 (часов) вниз, 12 (часов) вверх. То есть предлагать корм на 12 часов, убирать корм на 12 часов, прежде чем предлагать его снова.

Вместо сухих гранул или рассыпчатых кормов более здоровым вариантом для пород цыплят-бройлеров является ферментация цельнозернового корма. Feed Navigator рассказал о преимуществах использования ферментированных кормов для бройлеров.

• До 5 недель: уровень протеина 20-22%
  • Естественно свободный органический заквас или производитель индеек от скретч-кормов — 20.5%
  • * Gamebird Starter от Purina — 30% *
• Через 5 недель: уровень белка 18-20%
  • Органический бройлер с кукурузой скретч-кормами — 19%
  • Универсальный корм — 19%
  • Производитель индейки по царапинам и кормам — 20,5%

* Gamebird Starter от Purina содержит чрезвычайно высокий уровень протеина. С учетом сказанного, я предлагал этот корм на очень короткий период времени, если другой корм недоступен.

• Корнуолл Кросс
  • Первые 5 дней, предлагайте корм по выбору с содержанием белка 20-22%
  • День 6 до забоя кормов — корм без корма 18-20% протеина для цикла до 12 вниз, 12 вверх
  • Хотя они не склонны к свободному выгулу, этот вариант может быть предложен
• Freedom, красный и Rolin S
  • Высокое содержание белка в первые 4 недели, бесплатный выбор
  • После 4-недельного возраста перейти на 18-20% белка
  • Предложение 12 циклов кормления вниз-12 вверх
  • Свободный выгул или выпас для прикорма
• Вода
  • Бройлерная птица склонна к быстрому обезвоживанию, всегда предлагает чистую воду
  • Для обеспечения регулярного передвижения мясных птиц, поилки и кормушки должны быть раздельными

И последний совет: не ждите дольше запланированного времени разделки.Ноги и сердце большинства цыплят-бройлеров не выдерживают веса птицы. Мясо ног может быть повреждено, и некоторые породы, например корнуолл-кросс, могут умереть от сердечного приступа.

секретов успешного выращивания родительского стада бройлеров

Каковы важные факторы в выращивании продуктивных родительских стад бройлеров? Время, потраченное на подготовку к новому стаду, и первые семь-десять дней после посадки — наиболее важные моменты для обеспечения успеха стада.С задержкой во времени между фазой выращивания и окончанием яйцекладки трудно определить проблемы в управлении выращиванием, которые повлияли на продуктивность стада, но существует прямая связь между началом, которое получают цыплята, и тем, как они работают в течение цикла яйцекладки. Давайте рассмотрим важные моменты.

Санитария

Тщательно очистите птичник между стадами.Уберите весь мусор. Помыть потолок, боковины и оборудование. Продезинфицируйте после мытья зданий. От предыдущего стада не должно оставаться ничего, что не было вымыто и продезинфицировано. Очистите линии поения лимонной кислотой (или другим способом, рекомендованным производителем), чтобы удалить бактерии, которые могут связывать или убивать вакцины, введенные во время следующего стада. Не забудьте промыть линии до прибытия следующей стаи. Некоторые люди смотрят на санитарию птичника как на что-то дополнительное, но нет сомнений в том, что это одно из самых важных вложений, которые могут быть сделаны для обеспечения успеха вашего следующего стада.Предотвратите проблемы, соблюдая правила санитарии, борьбы с грызунами и мухами и биобезопасности в течение всего периода жизни стада.

Будьте готовы к цыплятам. Техническое обслуживание оборудования должно быть полным: все нагреватели, кормушки, поилки и вентиляторы должны быть обслужены / отремонтированы и находиться в хорошем рабочем состоянии. Готовность и надежность имеют решающее значение для прохождения 20-недельной фазы выращивания без механических повреждений.

Температура

Убедитесь, что температура (от 86 до 90 ° F) соответствует высоте птицы.В самую холодную погоду дайте теплу достаточно долго, чтобы пол был удобен. Если вы чувствуете прохладу, сидя на подстилке, птицам будет холодно (при температуре их тела 106 ° F). Холодные цыплята не идут на кормление и через несколько дней будут выбраны как погибшие или голодные.

Вода

Вода в поилках должна быть как прохладная вода в ванне (80–85 ° F). Если вода в ватерлинии холодная (ниже 55 F) до прибытия цыплят, попробуйте пораньше включить брудеры / печи, чтобы не охладить цыплят, когда они получат первую воду.Вывалите цыплят у поилок. Обеспечьте достаточно места для полива. Если вы используете ниппельные поилки, обеспечьте достаточно высокий уровень освещения, чтобы цыплята могли видеть металлическую соску и быть привлеченной к ней (первые 2-3 дня). При низкой освещенности некоторые цыплята не находят соски до обезвоживания. Кроме того, в первый день следует установить низко расположенные линии поения сосков, чтобы цыплята фактически наталкивались на соски. По мере того, как птицы находят воду, подтягивайте шнуры, чтобы побудить птиц вытянуть шеи для питья и предотвратить попадание воды на подстилку.

Корм ​​

Убедитесь, что цыплята едят в первый день и несколько раз в день, пока не начнется ежедневное ограниченное кормление. Кормление поощряется свежим кормом, доступным для цыплят (т. Е. Подкормкой крышек кормушек каждый день или два раза в день) и включением автоматической кормушки (звук привлекает их). Когда цыплята прибудут, начните вместе с кормом и водой.

Медленно переместите крышки питателя к линиям подачи. Как и в случае с поилками, важно, чтобы цыплята нашли свою автоматическую кормушку и поилки до того, как будут сняты дополнительные поилки или крышки кормушек.Они могут быть удалены слишком рано, а могут оставаться слишком долго. Цель состоит в том, чтобы цыплята-производители поедали корм и воду как можно быстрее после прибытия, иначе смертность будет высокой. Время обработки цыплят-производителей в инкубатории увеличивается из-за количества запрашиваемых нами услуг. Кроме того, цыплята-производители путешествуют дальше, чем большинство цыплят-бройлеров, поэтому крайне важно потреблять воду и корм в течение первого часа после посадки. Эти цыплята дорогие, поэтому дополнительные усилия окупаются не только хорошей сохранностью, но и отличными заводчиками в будущем.

Есть отклонения во всех фидах. Однако обратите особое внимание на стартовый корм для родительского стада бройлеров. Если он не выглядит и пахнет правильно, вероятно, это неправильно. Позвоните своему местному представителю. Сейчас не время ошибаться в типе или качестве корма. Одна из распространенных проблем — попадание цельнозерновой кукурузы в стартовый корм. Цыплята не могут есть эти ядра, и они будут упускать некоторые важные питательные вещества, из-за чего поголовье будет отличаться от целевой массы тела. Один взгляд на кормушку покажет вам проблему.В конце концов, птицы съедят кукурузу, но на это потребуются недели.

Управляйте кормушкой так, чтобы корм распределялся по птичнику. Отрегулируйте время работы заслонок или кормушки так, чтобы корм распределялся по птичнику или как можно дальше, чтобы у каждой птицы было больше места для кормления. Если корм проходит всего несколько сотен футов в день, наиболее агрессивные птицы будут потреблять большую часть корма. Однородность стада по живой массе будет низкой и останется низкой из-за ограниченного доступа к корму.Разложите корм по птичнику, чтобы обеспечить доступ птицам.

Время кормления должно быть постоянным изо дня в день. Птицы — существа привычки. Они хорошо себя чувствуют при одинаковом времени кормления, и каждый день их успокаивает один и тот же распорядок дня. Птицы адаптируются практически к любому дневному режиму, но лучше всего будут работать, когда они будут придерживаться одного и того же режима каждый день. Многие старые птицеводы носят каждый день одну и ту же шляпу или рубашку и брюки одного цвета. Я не могу подтвердить ценность этого распорядка дня, но если вы будете кормить их каждый день вовремя, вы снизите их уровень стресса и поможете им работать с максимальной отдачей.

Весы

Откалибруйте весы или попросите квалифицированного специалиста. Многие хорошие стада погибли из-за неисправного оборудования. Ежедневное потребление птиц важно для их получения и поддержания целевой массы тела. Они должны получать указанное количество корма — ни чуть больше, ни меньше. Наверное, самая сложная ситуация — это шкала, которая дает переменные результаты. Покупайте качественное оборудование и поддерживайте его, чтобы обеспечить птице ожидаемое потребление корма и улучшить его консистенцию.

Прививки

Водные прививки — один из наиболее распространенных методов доставки вакцины птицам. Это также самый распространенный метод вакцинации птиц. То, что должно быть быстрым и простым методом введения вакцины, часто плохо выполняется, что приводит к низкой защите от болезней и / или низким титрам. Все птицы в птичнике должны получить глоток вакцины в течение двух часов после разведения вакцины. Секрет успешной вакцинации через воду — это заставить всех птиц выпить вакцину.Воды отнимают у птиц днем ​​или утром перед вакцинацией. Слейте воду из линий подачи воды.

Следует учитывать время, объем вакцины и погодные условия. В большинстве случаев слив воды из водопроводов до того, как погаснет свет за день до вакцинации, позволит птицам почувствовать жажду на следующее утро. Однако, если погода особенно жаркая (наружная температура 95 ° F), птицы будут испытывать жажду из-за погодных условий, и время между удалением воды и началом вакцинации следует сократить.При наличии вакцины все птицы должны добраться до поилки. Если птицы испытывают сильную жажду, первые у поилки съедят всю вакцину. Обойдите поилки и боковую стенку, чтобы убедиться, что все птицы направляются к поилке и отодвигают более доминирующих птиц. Еще одна важная переменная — это объем применяемой вакцины. Чем старше птицы, тем больший объем вакцины требуется для обеспечения вакцинации всех. В домах с хлорированной водой необходимо использовать стабилизатор вакцины, иначе хлор убьет живые вакцины.Убедитесь, что стабилизатор находится в линиях подачи воды, пока присутствует вакцина, и продолжайте использовать стабилизатор в течение дня вакцинации.

В птичнике начинается высокопродуктивное племенное стадо.

ноябрь 2008

Заводчики бройлеров — обзор

3.3.2 Практика ограничения кормления

Современные коммерческие линии родительских стад бройлеров обладают таким же генетическим потенциалом для быстрого роста, как и их потомство. Однако для того, чтобы ограничить проблемы, такие как ожирение, хромота и асцит, и поддерживать адекватные репродуктивные способности, родительским стадам ограничивают корм на протяжении всего периода выращивания, особенно на этапе выращивания, когда они получают около 45% от общего количества корма. такой же вес получает бройлер.В результате они часто проявляют признаки хронического голода, в том числе клевание предметов и перьев, чрезмерное питье и высокую мотивацию к еде, даже сразу после употребления своего дневного рациона. За последние 15 лет большое количество исследований было сосредоточено на использовании альтернативных кормовых ингредиентов для улучшения благополучия родительского стада (например, Morrissey et al., 2014; Nielsen et al., 2011; Sandilands et al., 2005; Savory and Lariviere, 2000). ). Экспериментально изучалась комбинация волокнистых ингредиентов (в частности, шелухи овса или соевых бобов) и увеличивающихся уровней пропионата кальция (в качестве средства подавления аппетита), добавляемого в рацион во время выращивания (Sandilands et al., 2006), и было обнаружено, что они контролируют темпы роста, поддерживают однородность веса и снижают поведенческие индикаторы голода как в период максимального ограничения, так и в период непрофессионализма (Morrissey et al., 2014; Sandilands et al., 2005; Tolkamp et al. др., 2005).

В последнее время больше внимания уделяется влиянию недельного графика кормления на благосостояние. В Северной Америке ограничение поголовья бройлеров обычно регулируется с помощью графиков недельного кормления, таких как кормление с пропуском дня, когда птицы получают удвоенную суточную норму кормления через день из-за предполагаемого успеха этих программ в улучшении однородности стада.Тем не менее, практика не ежедневного кормления запрещена в некоторых странах из-за воспринимаемого оскорбления благосостояния (DEFRA, 2007). Недавно мы начали изучать влияние режима недельного кормления в сочетании с альтернативными диетами на благополучие родительского стада как во время выращивания, так и в период яйцекладки. По сравнению с птицами, которых кормят ежедневно, у птиц, которых кормили по графику недельного кормления во время выращивания, значительно улучшилось состояние оперения (Morrissey et al., 2014; Mosco et al., 2016), и у них была аналогичная мотивация к компенсирующему потреблению корма (Arrazola et al., 2016), хотя эффективность кормления у них была хуже (Arrazola et al., 2016; Lostracco et al., 2014). Эти результаты показывают, что для программ количественного ограничения недельное кормление не хуже для благополучия родительских стад бройлеров, чем ежедневное кормление. Мы анализируем, переносится ли опыт племенных молодок, выращенных при разных режимах кормления, на производство или на следующее поколение.

Кроме того, практика ограничения кормления родительского стада может иметь более широкие последствия, чем только во время периодов выращивания или продуктивности родительского стада.Метаболические изменения в родительском стаде в результате различной частоты кормления (Ekmay et al., 2010; Janczak et al., 2007) или плотности рациона (Enting et al., 2007; Leandro et al., 2011) имеют трансгендерные последствия для роста потомства и метаболизм, возможно, через эпигенетические механизмы (Ford and Long, 2011). Стресс кур с помощью непредсказуемых графиков освещения приводил к измененной экспрессии генов у кур, которая передавалась их потомству (Lindqvist et al., 2007). У овец питание матери влияло на распределение энергии и питательных веществ в двух поколениях, при этом недоедание приводило к развитию «бережливого фенотипа», предрасполагающего к ожирению и метаболическим заболеваниям (Ford and Long, 2011; George et al., 2012). Ограничение кормления родительских стад бройлеров во время несушки изменило их экспрессию липогенных генов в печени (Richards et al., 2003), а непредсказуемость доступа кур-несушек к корму изменила их поведение и экспрессию генов в дополнение к таковой у их потомства (Lindqvist et al., 2007; Nätt et al., 2009). Поскольку разные стратегии кормления по-разному влияют на поведение и продуктивность родительских стад бройлеров, могут иметь место наследственные изменения в экспрессии генов. Необходимо использовать новые технологии для оценки экспрессии эпигенетических генов, чтобы лучше понять все эффекты практики ограничения корма.

Бройлеры и их менеджмент

Для достижения как генетического потенциала, так и стабильного воспроизводства стада важно, чтобы производитель или менеджер стада располагали хорошей программой управления.

Для достижения как генетического потенциала, так и стабильного воспроизводства стада важно, чтобы производитель или менеджер стада располагали хорошей программой управления

Бройлер, также известный как корниш-кросс, представляет собой сорт цыплят, выращенных специально для производства мяса.Выращенные быстрорастущими породами с низкой смертностью, бройлеров можно успешно выращивать в стандартных условиях содержания на легкодоступных, специально разработанных кормовых рационах для бройлеров.

Породы родительского стада (племенные бройлеры)

Потребители ожидают, что мясо бройлеров будет нежным и качественным. Весь процесс производства бройлеров разработан для этого требования, но одни и те же ресурсы расходятся с теми, которые требуются для производства яиц заводчиками бройлеров.
Три основных этапа и стадии всего процесса производства бройлеров:

• выращивание и содержание родительских стад бройлеров (т. Е. Птиц, которые производят яйца для вылупления цыплят-бройлеров),
• откорма цыплят-бройлеров
• сбыт и переработка готовой продукции птица-бройлер

Производителю бройлеров явно требуются птицы, которые при минимальном количестве обычного корма достигают высокой живой массы с хорошим качеством туши в кратчайшие сроки.Кроме того, производитель также хочет птиц с правильным телосложением, которые будут быстро оперяться и иметь минимальный уровень смертности.

С другой стороны, производителей родительского стада бройлеров (производителя родительского стада бройлеров) по существу интересуют все факторы, связанные с яйценоскостью и успешным развитием эмбриона — начало, частота и непрерывность яйцекладки, количество, размер, вес, форма, и качество яиц. Это связано с тем, что производитель нацелен на производство как можно большего количества цыплят для продажи.

Но родительские птицы были бы выбраны и выращены с учетом быстрорастущих характеристик, которые они передают своему потомству (т. Е. Цыплят-бройлеров, которых нужно откармливать до бройлеров). Птицы, которые быстро набирают вес в первые несколько недель после вылупления, обычно имеют избыточный вес, когда созревают и яйценоскость обратно пропорциональна массе тела. Следовательно, несушки-бройлеры откладывают всего около 140 яиц в год по сравнению с 250, которые обычно производят куры, несущие яйца для потребления человеком.

Компромисс должен быть встроен в программу разведения. В противном случае производители родительского стада бройлеров сталкиваются с двойным недостатком кур, которые откладывают менее 150 яиц в год и с которыми трудно справиться из-за быстрого темпа роста и большого веса тела в период созревания.

Компромисс достигается путем скрещивания. Простые программы обычно используют штамм «столового качества» в качестве мужской линии (например, корниш) и штамм, производящий яйца (например, Нью-Гэмпшир), для женской линии.Более сложные схемы, дающие лучший результат, — это скрещивание самцов «корнуолла» и самок «нью-хэмпшир» со штаммом «White Plymouth Rock». Кроссбредные самцы и помесные самки этих соответствующих помесей затем используются в качестве родительского стада бройлеров для разведения цыплят-бройлеров.

Высокое давление отбора по эффективности корма и конверсии корма, росту и качеству мяса / туши применяется к мужскому штамму, но в гораздо меньшей степени к женскому штамму. А использование гибридных самок обеспечивает высокую степень жизнеспособности гибридов с максимальным уровнем яйценоскости, жизнеспособности и успешности вылупления.

Рост и управление бройлерами

Селекция и выращивание бройлеров для обеспечения высоких темпов роста являются важнейшими процессами в мировой птицеводческой отрасли. Бройлеры-самцы быстро набирают вес с самого начала и в возрасте 6 недель могут весить 2 кг (живой вес). Самки птицы будут расти медленнее, но это дает определенные маркетинговые преимущества, поскольку в целом потребительский спрос направлен на тушки бройлеров разного веса. Скорость роста зависит не от количества потребляемой пищи, а от эффективности использования корма и преобразования пищи в ткани тела.

Производители бройлеров, как правило, предпочитают белые пернатые породы, поскольку в результате тушка после обработки становится «более чистой». Но есть случаи, когда соображения управления производством перевешивают это, и предпочтение отдается сортам с цветными перьями. Примеры включают выращивание бройлеров в странах с большим количеством осадков и местной почвой красного цвета. В таких ситуациях красно-коричневый цвет Род-Айленда может быть наиболее разумным выбором. Покрытие из перьев должно быть хорошим, чтобы поддерживать изоляцию и ограничивать потерю тепла от тела, а также сводить к минимуму вероятность появления пузырей на коже, которые портят товарный вид птицы, подвергшейся переработке.

Многие современные породы бройлеров дают желтый жир, потому что они специально выведены для американского рынка. На рынках, где желтый жир нежелателен, производители должны удалить из рациона каротин и каротиноидные пигменты (цветные химические вещества). Точно так же факторы, определяющие качество туш в одной стране, могут не подходить для другой. Например, потребители в некоторых странах могут рассматривать телосложение, текстуру и вкус туши как высокое качество по «западным» стандартам, чтобы предложить непривлекательную и недостаточно жевательную еду.Для продажи в супермаркетах грудка должна быть широкой и глубокой. Многие из таких проблем решаются путем включения местных штаммов в программы скрещивания для получения соответствующего родительского стада бройлеров.

Кормление родительского стада (родительское поголовье)

Производители родительского стада бройлеров (заводчики-бройлеры) имеют единственную цель — получить максимальное количество качественных плодородных яиц и вылупившихся цыплят-бройлеров. Родительское стадо явно будет обладать признаками быстрого роста, необходимыми для бройлерных птиц, но эти родительские птицы слишком быстро набирают вес, и у кур снижается яйценоскость.Очевидно, что существует очевидный конфликт интересов для обеспечения правильного роста и развития при максимальной яйценоскости. Эта проблема решается путем тщательно спланированного ограничения кормов с использованием следующих руководящих принципов:

• Производители должны гарантировать, что родительские птицы-бройлеры достигают зрелого веса в возрасте 24 недель
• Давайте измельченное просо или кукурузу один раз в день в период выращивания и увеличьте до трех раз в сутки в период яйцекладки. Высыпайте хлопья в подстилку.Птицы борются за зерно, занимаются спортом и сжигают жир
• Уменьшите количество корма на 5 г в день, на каждые 50 г зарегистрированной птицы сверх оптимального веса
• При раздельном выращивании самцов и самок давайте самцам 30 г дополнительного корма в день. При совместном выращивании увеличивайте корм только на 5 г в день для каждого самца.

Управление родительским стадом бройлеров

В племенном производстве бройлеров используется система, очень похожая на ту, что используется при выращивании цыплят-несушек. Используйте ту же программу вакцинации плюс введение вакцины птичьего энцефаломиелита в питьевую воду, когда птицам 18 недель.Выбраковывайте некачественных цыплят (обычно 3-5%) через 6 недель и используйте ту же схему освещения, что и для несушек.

Неполовозрелые родительские птицы-бройлеры едят чрезмерно, чтобы удовлетворить присущие им (заданные по индивидуальному заказу) высокие темпы роста. В результате они слишком быстро растут и становятся сильно полными. Компенсирующие методы ограничения корма, включая сокращение суточного рациона, диету с низким содержанием белка и высоким содержанием клетчатки; пропуск дневного кормления, ограничение доступа к корму и низкий уровень лизина необходимы для решения этой проблемы.

В итоге лучше всего сначала выращивать петушков и кур отдельно, потому что у них разные потребности в питательных веществах. Например, петушкам требуется более высокое содержание кальция и фосфора. Затем полов можно смешивать в возрасте от 12 до 14 недель, используя соотношение 8-10 кур на одного петуха. Всех молодок и петушков следует пересадить в помещения для несушек одновременно с достижением 21-недельного возраста. А с режимом освещения, как для несушек, птицеводы-бройлеры должны достичь полной яйценоскости в возрасте от 30 до 33 недель.

Конкретные проблемы могут возникнуть в тропиках, потому что более тяжелые родительские птицы более восприимчивы к тепловому стрессу, чем птицы стандартных линий-несушек. По соображениям здоровья птичники-несушки должны располагаться подальше от птичников, где выращивают неполовозрелых птиц. После освобождения птичники, используемые для выращивания неполовозрелых птиц, необходимо тщательно очистить и оставить не менее чем на три недели, прежде чем вводить новых птенцов.

Д-р Терри Маббет

(PDF) Стратегии разведения бройлеров на протяжении десятилетий: обзор

RABIE, T.S.K.M., CROOIJMANS, R.P.M.A., BOVENHUIS, H., VEREIJKEN, A.L.J., VEENENDAAL,

T. VAN DER POEL, J.J., VAN ARENDONK, J.A.M., PAKDEL, A. и GROENEN, M.A.M. (2005)

Генетическое картирование локусов количественных признаков, влияющих на предрасположенность кур к развитию легочного синдрома

гипертонии. Генетика животных 36: 468-476.

RAUW, W.M., KANIS, E., NOORDHUIZEN-STASSEN, E.N. и GROMMERS, F.J. (1998). Нежелательные

побочные эффекты селекции для обеспечения высокой продуктивности сельскохозяйственных животных: обзор.Домашний скот. Производство

Наука 56: 15-33.

РИДДЕЛЛ, К. (1992) Неинфекционные заболевания скелета домашней птицы: обзор, в: WHITEHEAD, C.C. (Ред.)

Костная биология и заболевания скелета у домашней птицы, стр. 119-145 (Carfax Publishing Co., Abingdon, UK).

ROWE, S.J., WINDSOR, D., HALEY, C.S., BURT, D.W., HOCKING, P.M., GRIFFIN, H., VINCENT, J.

и DE KONING, D.J. (2006) QTL-анализ массы тела и оценки экстерьера у коммерческих цыплят-бройлеров

с использованием компонента дисперсии и анализа полусиба.Генетика животных 37: 269-272.

SCHEELE, C.W., VAN DER KLIS, J.D., KWAKERNAAK, C., BUYS, N. и DECUYPERE, E. (2003)

Гематологические характеристики, позволяющие прогнозировать предрасположенность к асциту. 1. Высокая концентрация углекислого газа у

SCHEELE, CW, VAN DER KLIS, JD, KWAKERNAAK, C., DEKKER, RA, VAN MIDDLEKOOP,

JH, BUYSE, J. и DECUYPERE E. (2005) Асцит и напряжение венозного углекислого газа у молодых цыплят

тщательно отобранные генотипы и местные штаммы.Журнал World’s Poultry Science Journal 61: 113-129.

SCHMIDT, G.S., FIGUEIREDO, E.A.P., LEDUR, M., DE AVILA, V.S. и SCHEUERMANN, G.N.

(2006) Эффект отбора по размеру груди у бройлеров. Proc. 8

th

Всемирный конгресс по генетике, применяемой к животноводству

, Белу-Оризонти, штат Мэриленд, Бразилия, 13-18 августа 2006 г.

SCHMIDT, G.S., FIGUEIREDO, E.A.P., LEDUR, M.C. и FAIRFULL, R.W. (1994) Отбор

репродуктивных признаков в программе разведения белых яиц.Proc. 5

-й

Всемирный конгресс по генетике

Применительно к животноводству, Университет Гульф, 7-12 августа 1994 г.

SCHMIDT, G.S., FIGUEIREDO, E.A.P., LEDUR, M.C. и MUNARI, D.P. (1998) Коррелированный ответ по

репродуктивным признакам при выборе линий бройлеров по живой массе. Proc. 6

-й

Всемирный конгресс по генетике

Применимо к животноводству, Армидейл, Австралия, 11-16 января 1998 г.

SCHMID, M., NANDA, I., HOEHN, H., SCHARTL, M., HAAF, T., BUERSTEDDE, JM., ARAKAWA,

H., CALDWELL, RB, WEIGEND, S., BURT, DW, SMITH, J. , GRIFFIN, DK, MASABANDA, J.

S., GROENEN, MAM, CROOIJMANS, RPMA, VIGNAL, A., FILLON, V., MORISSON, M.,

PITEL, F., VIGNOLES, M., GARRIGUES , А., ГЕЛЛИН, Дж., РОДИОНОВ, А.В., ГАЛКИНА, С.А.,

ЛУКИНА, Н.А., БЕН-АРИ, Г., БЛЮМ, С., ХИЛЛЕЛЬ, Дж., ТВИТО, Т., ЛАВИ, У., ДЭВИД, Л., ФЕЛЬДМАН,

МВт, ДЕЛАНИ, МЕНЯ, КОНЛИ, К.А., ФАУЛЕР, В. М., ХЕДЖС, С. Б., ГОДБОТ, Р., КАТЯЛ,

С., СМИТ, К., ХАДСОН, К., СИНКЛЕР, А. и МИЗУНО, С. (2005) Второй отчет о куриных генах

и хромосомы 2005. Цитогенетические и геномные исследования 109: 415-479.

SCHREIWEIS, M.A., HESTER, P.Y., SETTAR, P. и MOODY, D.E. (2005) Определение количественных локусов

признаков, связанных с качеством яиц, яйценоскостью и массой тела в ресурсной популяции F2 из

цыплят. Генетика животных 37: 106-112.

СКОЛЛАН, Н. (1998)

Ядерно-магнитно-резонансная томография как инструмент для оценки массы грудной мышцы курицы в

vivo. British Poultry Science 39: 221-224.

SEWALEM, A., MORRICE, D.M., LAW, A.S., WINDSOR, D., HALEY, C.S., IKEOBI, C.O.N., BURT,

D.W. и ХОКИНГ, П.М. (2002) Картирование локусов количественных признаков для массы тела на 3, 6 и 9 неделях возраста

в кроссе бройлеров-несушек.Наука о птицеводстве 81: 1775-1781.

SEYEDABADIA, H.R, AMIRINIAB, C., AMIRMOZAFARIC, N., TORSHIZID, R.V., CHAMANIA,

M. и ALIABADB, A.J. (2010) Связь гена аполипопротеина B с признаками роста и упитанности

в иранских коммерческих линиях бройлеров. Животноводство 132: 177-181.

ШАРИФИ, А.Р., ХОРСТ, П. и СИМИАНЕР, Х., 2006. Генотип x среда — взаимодействие с различными генотипами оперения

маток-родительских бройлеров. Proc.8

th

Всемирный конгресс по генетике применительно к животноводству

Production, Белу-Оризонти, штат Мэриленд, Бразилия, 13-18 августа 2006 г.

SHARMA, P., BOTTJE, W. и OKIMOTO, R. (2008) Полиморфизмы в разобщающем белке, рецепторе меланокортина

3, рецепторе меланокортина 4 и генах проопиомеланокортина и связь с производственными признаками в

коммерческого бройлера линия. Наука о птицеводстве 87: 2073–2086.

SHEN, S., BERRY, W., JAQUES, S., PILLAI, S. и ZHU, J. (2004) Дифференциальная экспрессия

йодтиронин дейодиназы 2 типа в пластинах роста цыплят, дивергентно отобранных по заболеваемости большеберцовой

дисхондроплазия, Генетика животных 35: 114-118.

SHERIDAN, A.K., HOWLETT, C.R. и BURTON, R.W. (1978) Заболеваемость дисхондроплазией большеберцовой кости

у бройлеров. Британская наука о птицеводстве 19: 491-499.

SIEGEL, P.B. (1959) Доказательства генетической основы агрессивности и полового влечения в Белой Плимутской Скале

. Птицеводство 38: 115-118.

Стратегии разведения бройлеров: А.К. Thiruvenkadan et al.

334 World’s Poultry Science Journal, Vol. 67, июнь 2011

Frontiers | Вклад фекальной микробиоты родительского стада в создание микробиоты яичной скорлупы

Введение

Куриное мясо — важный источник высококачественных белков, витаминов и минералов.Это самый постный и самый доступный мясной продукт, доступный в мире, что в совокупности объясняет его экономическую ценность (Hou et al., 2016). Следовательно, производство цыплят-бройлеров значительно выросло за последние десятилетия (Leeson and Summers, 2005). Однако куры также известны как важные резервуары биологических опасностей, и они часто способствуют передаче патогенов пищевого происхождения (Kaakoush et al., 2014).

Кишечный тракт цыпленка может быть заселен такими патогенными бактериями, а также многочисленными микроорганизмами, включая комменсальные и транзиторные бактерии (Videnska et al., 2013), которые вместе составляют микробиоту кишечника. Симбиотические отношения между хозяином и микробами в желудочно-кишечном тракте птиц имеют первостепенное значение для роста и здоровья хозяина (Apajalahti et al., 2004). Микробиота птиц стала лучше изучена с введением методов, не зависящих от культуры, таких как секвенирование ампликонов гена 16S рРНК (Zhu et al., 2002).

В производстве цыплят-бройлеров исследования микробиоты проводились в основном на уровне цыплят-бройлеров, а не на уровне родительских кур, и они в основном были сосредоточены на описании состава микробиоты различных сегментов их желудочно-кишечного тракта (Zhu et al., 2002; Лу и др., 2003; Gong et al., 2007), и лишь некоторые из них содержали фекалии (Kaakoush et al., 2014; Videnska et al., 2014; Pauwels et al., 2015; Hou et al., 2016). Сообщалось, что на состав микробиоты птиц влияет множество факторов, включая возраст птиц (Knarreborg et al., 2002; Videnska et al., 2013). Хотя влияние возраста было продемонстрировано для цыплят-несушек в несколько дней (Knarreborg et al., 2002), а также между молодкой и взрослой коммерческой несушкой (Videnska et al., 2013), картина остается неясной для кур-несушек (например, кур-бройлеров). Исследования показали, что некоторые специфические патогены пищевого происхождения и домашней птицы, обнаруженные на поверхности яичной скорлупы, могут заразить вылупившихся птенцов и, следовательно, повлиять на здоровье растущего бройлера, а также на мясные продукты, полученные от этих цыплят (Glávits et al., 1984; Cox et al., 1997 ; Forgetta et al., 2012; Poulsen et al., 2017). Следовательно, описание идентичности и разнообразия бактериальных сообществ, присутствующих на предшествующих стадиях пирамиды производства цыплят-бройлеров, с помощью молекулярных подходов может помочь лучше управлять риском, связанным с передачей этих патогенных микроорганизмов.

Сразу после откладки яйца температура яйца, которая составляет около 42 ° C в репродуктивном тракте курицы, резко падает из-за контакта с более холодной внешней средой. Это создает отрицательное давление внутри только что отложенного яйца, что увеличивает вероятность того, что бактерии, присутствующие на поверхности яичной скорлупы, проникнут через скорлупу и загрязняют содержимое яйца (Gantois et al., 2009). В нескольких исследованиях сообщалось, что наличие бактериального загрязнения на поверхности яичной скорлупы может быть связано с различными факторами окружающей среды, такими как тип системы птичников (Jones et al., 2016), скорость яйцекладки (Chemaly et al., 2009), наличие пищи, воды, фекалий, пыли (Im et al., 2015), подстилки (Quarles et al., 1970) и пуха (Sivaramalingam et al. al., 2013) и / или состояние кутикулы (Sparks and Board, 1985). Присутствие влажного органического вещества способствует выживанию или даже росту патогенных бактерий на яичной скорлупе (Gantois et al., 2009). Сообщества фекальных микробов кур-бройлеров являются одними из первых бактерий, с которыми сталкивается яйцо во время и после процесса яйцекладки, но вклад этих микроорганизмов в формирование микробиоты на поверхности яйца до сих пор неизвестен.

Бактериальные сообщества, присутствующие на поверхности яичной скорлупы, все еще плохо охарактеризованы, хотя они являются одними из первых бактерий, с которыми цыплята-бройлеры сталкиваются после вылупления, и могут влиять как на домашнюю птицу, так и на здоровье населения. Большинство доступных данных о бактериальных сообществах яичной скорлупы получены в результате исследований, проведенных в основном на яйцах, предназначенных для потребления человеком, и эти данные получены в результате исследований на основе культур. Несколько исследований секвенирования гена 16S рРНК, проведенных на диких птицах (Shawkey et al., 2009; Ли и др., 2014; Van Veelen et al., 2018) и куры-несушки (Neira et al., 2017), которые исследовали микробиоту яичной скорлупы, не смогли документально подтвердить межстайное разнообразие, разнообразие между разнесенными временными точками отбора проб, а также не смогли предоставить информацию о вкладе первых ступеней производства бройлеров, то есть кур-производителей.

Здесь мы стремились оценить перенос родительской фекальной микробной экосистемы и ее вклад в формирование микробиоты яичной скорлупы.Для этого был использован подход секвенирования гена 16S рРНК для описания как фекальной микробиоты кур-бройлеров, так и микробиоты, обнаруженной на поверхности яиц, отложенных этими птицами в двух разных временных точках отбора проб с интервалом в 4 недели и среди разных стай.

Материалы и методы

Сбор проб

Фекалии и яичная скорлупа от десяти стад родительских стад бройлеров Cobb 500 и двух стад родительских стад бройлеров Ross отбирались дважды ( n = 24) с интервалом в 4 недели, с октября 2016 года по июнь 2017 года (дополнительная таблица S1).Отары были выращены на пяти птицеводческих фермах (система свободного содержания) в Квебеке, Канада. Под стадом понималась группа цыплят, выращиваемых в одном помещении в течение одного и того же периода. Сбор образцов представлял в общей сложности 94 пула фекального материала и 1640 поверхностей яичной скорлупы.

Образец кала

Во время каждого посещения и для каждого родительского стада десять свежих пометов собирали на дне загона в соответствии с планом стратифицированного отбора проб, собирали вместе в пластиковый контейнер и гомогенизировали. Это было сделано в четырех повторностях.Для сбора каждого пула фекалий использовали новую пару нитриловых перчаток. Сразу после сбора каждый объединенный образец использовали для заполнения 2-миллилитровой микропробирки с завинчивающейся крышкой (Sarstedt AG & Co. KG, Сен-Леонард, Канада), которую переносили в жидком азоте для транспортировки в лабораторию, где ее хранили при -80. ° C до дальнейших анализов.

Образцы яичной скорлупы

Во время каждого посещения и для каждого родительского стада было собрано 70 яиц непосредственно из гнезд в соответствии с планом стратифицированного отбора проб.Каждую яичную скорлупу протирали в течение 1 мин стерильной салфеткой (Fisher Scientific, Оттава, ОН, Канада), предварительно пропитанной физиологическим раствором (0,85% NaCl), после чего каждое яйцо возвращали в свое гнездо. На каждые 10 яичных скорлуп использовали одну стерильную салфетку, а между каждой салфеткой использовали новую пару нитриловых перчаток. Кроме того, во время каждого посещения фермы из пакета вынимали дополнительную стерильную салфетку, предварительно пропитанную физиологическим раствором, служащим в качестве отрицательного контроля, и взмахивали воздухом на ферме в течение 30 с, не контактируя с какими-либо поверхностями.Сразу после сбора каждую салфетку переносили в пробирку с завинчивающейся крышкой на 50 мл (Sarstedt AG & Co. KG, Сен-Леонард, Квебек, Канада) и замораживали в жидком азоте для транспортировки в лабораторию, где они хранили при -80 ° C. до последующей обработки.

Каждую замороженную салфетку в асептических условиях переносили в стерильный мешок Whirl-Pak на 24 унции (Nasco, Fort Atkinson, WI, США), содержащий 20 мл фосфатно-солевого буфера (PBS), и перемешивали в течение 90 с с использованием лабораторного блендера Seward Stomacher 400C ( Коул-Пармер, Монреаль, Квебек, Канада).Каждую салфетку сжимали и скручивали, чтобы извлечь как можно больше жидкости. Извлеченный объем переносили в 50 мл пробирку с завинчивающейся крышкой (Sarstedt AG & Co. KG) и центрифугировали в центрифуге Sorvall Legend XTR Centrifuge TX-1000 (Fisher Scientific) в течение 25 мин при 4500 × g . Супернатант отбрасывали и экстрагировали ДНК.

Экстракция ДНК

Суммарную бактериальную ДНК экстрагировали с использованием набора для выделения ДНК DNeasy PowerLyzer PowerSoil (QIAGEN, Toronto, ON, Canada) в соответствии с инструкциями производителя с некоторыми изменениями.250 мг (± 10 мг) образца кала или весь осадок из лабораторной салфетки из яичной скорлупы, предварительно ресуспендированный в растворе для взбивания шариков, переносили в пробирку PowerBead со стеклянными шариками. Были выполнены две термообработки; первый при 65 ° C в течение 10 минут и второй при 95 ° C в течение 10 минут. Клетки дважды подвергали механическому лизированию с использованием прибора для подготовки образцов Fastprep-24 5G (MP Biomedicals, VWR, Ville Mont-Royal, QC, Канада), установленного на скорости 6,5 м / с в течение 45 с, с периодом ожидания 10 мин. на льду между двумя забегами.Пробирки PowerBead центрифугировали при 10000 × g в течение 5 минут при комнатной температуре (20 ° C), а остальные этапы протокола экстракции ДНК проводили в соответствии с инструкциями производителя. Концентрации ДНК измеряли с помощью анализа широкого диапазона дцДНК Qubit 3.0 (Fisher Scientific) для образцов фекалий и высокочувствительного анализа дцДНК Qubit 3.0 для образцов яичной скорлупы, оба с использованием флуорометра DeNovix QFX (Fisher Scientific). Очищенные образцы ДНК хранили при -20 ° C.

Библиотеки ампликонов гена 16S рРНК и секвенирование

Библиотеки ампликонов гена 16S рРНК получали с использованием универсальной пары праймеров 515FP1-CS1F ACACTGACGACATGG TTCTACAGTGCCAGCMGCCGCGGTAA и 806RP1-CS2R TACGGTAGCAGAGACTTGGTCTGGACTACHVGGCAGAGACTTGGTCTGACTACHVGGCapGora2, который амплифицирует сегмент b. Для каждого образца кала и яичной скорлупы 12 нг ДНК и 14,5 мкл ДНК (<1 нг / мкл) соответственно амплифицировали в конечном реакционном объеме 30 мкл с использованием ДНК-полимеразы Invitrogen Platinum SuperFi (Fisher Scientific).Амплификацию проводили с начальной денатурацией при 95 ° C в течение 15 минут, затем следовали 23 цикла, включая стадию денатурации при 95 ° C в течение 30 секунд, отжиг при 55 ° C в течение 30 секунд, элонгацию при 72 ° C в течение 180 секунд. с, и окончательное удлинение при 72 ° C в течение 10 мин. Включены отрицательный контроль, H ₂ O, и положительный контроль, стандарт ДНК сообщества микробов ZymoBIOMICS (Zymo Research, Ирвин, Калифорния, США). Объем 5 мкл каждой реакции был обработан на 2% агарозном геле и визуализирован после окрашивания для подтверждения присутствия ампликона длиной 292 п.о.Штрих-кодирование и секвенирование ДНК были выполнены на Illumina Miseq PE250 в Университете Макгилла и в инновационном центре Génome Québec (Монреаль, Квебек, Канада).

Обработка данных последовательности

чтения были очищены и проанализированы с помощью Mothur v.1.39.5 в соответствии со стандартной рабочей процедурой Miseq (по состоянию на апрель 2018 г.). Сначала были проанализированы последовательности фекалий и яичной скорлупы. Чтения из каждого набора образцов были объединены с помощью команды make.contigs. Последовательности, содержащие полимеры или неоднозначность, отбрасывались с помощью скрининга.seqs и идентичные последовательности были объединены с помощью команды unique.seqs. Остальные последовательности были выровнены с использованием справочных файлов Silva, релиз 128 и химеры были удалены. Последовательности фекалий и яичной скорлупы разделяли с помощью remove.groups. Последовательности, происходящие из контрольного образца яичной скорлупы, удаляли из последовательностей яичной скорлупы. Новый набор данных яичной скорлупы и набор данных фекалий были объединены в merge_dataset для оставшегося анализа с помощью команд merge.count и merge.files.

Таксономическая классификация последовательностей

Последовательности были классифицированы по уровням типа, класса, порядка, семейства и рода на основе поиска гомологии с использованием как Silva версии 128, так и обучающих баз данных Ribosomal Database Project (RDP) 16.Только бактериальные и архейные последовательности были сохранены и сгруппированы в рабочие таксономические единицы (OTU) с генетическим несходством расстояния 3% с использованием команды classify.otu.

Альфа- и бета-разнообразие

Для анализа альфа-разнообразия видовое разнообразие в выборке, количество наблюдаемых OTU, индексы обратного Симпсона и четности Шеннона были рассчитаны с использованием подвыборки с размером самой маленькой библиотеки с 1000 итераций; Образцы фекалий и яичной скорлупы обрабатывали отдельно.Результаты сравнивали между группами с использованием теста Стьюдента t (непарный и парный) и теста Краскела – Уоллиса с уровнем значимости 0,05. Эти статистические анализы были выполнены на GraphPad Prism 8 (GraphPad Software, LaJolla, CA, США). Для анализа бета-разнообразия использовалась мера сходства между парами образцов, матрица расстояний со значениями сходства для всех парных сравнений ( t = день 0 и t = 4 недели, стада с 1 по 12, фекалии и яичная скорлупа). создан с использованием индекса Жаккара, основанного на общих или отдельных видах, и индекса Юэ и Клейтона, который включает видовые пропорции как общих, так и отдельных видов.Различные группы статистически сравнивались с использованием анализа молекулярной дисперсии (AMOVA) с уровнем значимости 0,05 и визуализировались с использованием неметрического 2D-многомерного шкалирования (NMDS). Биомаркеры, связанные с фекалиями или яичной скорлупой, были выделены с использованием размера эффекта линейного дискриминантного анализа (LEfSe). Наконец, OTU, редко наблюдаемые в окончательном наборе merge_dataset (nseqs = 1), были удалены с помощью команды remove.rare, и была сгенерирована диаграмма Венна, чтобы выявить OTU, общие для групп.Командные строки, используемые в Mothur, доступны по адресу https://github.com/CRSV. Необработанные последовательности можно найти в базе данных CNBI SRA под регистрационным номером PRJNA602334.

Результаты

Фекальная микробиота

Количество последовательностей ДНК для 96 образцов фекалий варьировалось от 39 680 до 105 243, в среднем 62 661 последовательность на образец и всего 5 876 ​​676 последовательностей. Подавляющее большинство последовательностей, 99,8%, имели бактериальное происхождение, а 0,2% — архей.

В результате поиска в базах данных Silva и RDP было выявлено в общей сложности 22 и 20 различных типов (дополнительная таблица S2).Для всех образцов фекалий количество типов варьировалось от 7 до 15, в среднем 12 на образец, согласно RDP, и от 7 до 18, в среднем 14 на образец, согласно Silva. Четыре типа, Firmicutes, Actinobacteria, Proteobacteria и Bacteroidetes, показали относительную численность> 1% от общей фекальной микробиоты согласно каждой базе данных (рис. 1A). Согласно обеим базам данных, эти результаты практически идентичны.

Рисунок 1. Гистограмма с накоплением, иллюстрирующая основные типы (относительное количество> 1% от общей микробиоты), обнаруженные в образцах фекалий (A) и (B) яичной скорлупы, согласно базам данных Silva и RDP.

Аналогичным образом, в соответствии с базами данных Silva и RDP, в общей сложности было найдено 169 и 193 семей (дополнительная таблица S2). Для всех образцов фекалий количество семей варьировалось от 56 до 91, в среднем 71 по данным RDP, и от 60 до 104 со средним значением 80 по данным Сильвы. Семьи с относительной численностью> 1% согласно каждой базе данных показаны на рисунке 2A. Опять же, согласно обеим базам данных, эти результаты показывают высокую степень сходства, за исключением присутствия Clostridium_sensu_stricto_1 (3%), выявленного Сильвой, и Bacteria_unclassified (1%) RDP.

Рис. 2. Гистограмма с накоплением, иллюстрирующая основные семейства (относительная численность> 1% от общей микробиоты), обнаруженные в образцах яичной скорлупы (A) и (B) яичной скорлупы, согласно базам данных Silva и RDP.

Относительная численность родов по выборке на уровне рода также была описана в оба периода выборки (дополнительная таблица S4).

Микробиота яичной скорлупы

Количество последовательностей ДНК из 168 лабораторных салфеток варьировалось от 546 до 6216, в среднем 1233 последовательности на лабораторную салфетку и в общей сложности 207 225 последовательностей.Большинство последовательностей, 99,6%, были бактериями, а 0,1% — архей.

На основе баз данных Silva и RDP, соответственно, было идентифицировано 26 и 29 различных типов (дополнительная таблица S2). Для всех образцов количество типов варьировалось от 6 до 20, в среднем 11 на образец согласно RDP, и от 8 до 22, в среднем 14 на образец согласно Silva. Типы с относительной численностью> 1% от общей микробиоты яичной скорлупы согласно каждой базе данных показаны на рисунке 1B.Выявлено 6 и 5 типов по базам данных Silva и RDP соответственно. Из них четыре типа, Firmicutes, Actinobacteria, Proteobacteria и Bacteroidetes, показали одинаковую относительную численность в соответствии с обеими базами данных. Основные различия наблюдались в относительной численности Tenericutes (3%) и Bacteria_unclassified (1%) согласно Silva, а также в отсутствии Tenericutes и относительной численности Bacteria_unclassified (6%) при использовании RDP.

Всего было найдено 344 и 257 семей согласно базам данных Silva и RDP соответственно (дополнительная таблица S2).Для всех выборок количество семей варьировалось от 48 до 118, в среднем 72 семьи, согласно RDP, и от 49 до 104, в среднем 82 семьи, согласно Silva. Семьи с относительной численностью> 1% согласно каждой базе данных показаны на Рисунке 2B. В соответствии с каждой базой данных было выявлено несколько различий, не только в относительной численности некоторых семейств, но также в наличии или отсутствии конкретных семейств, в первую очередь в присутствии Mollicutes_RF9_fa , Enterococcaceae и Bacillaceae согласно Сильве и наличие Porphyromonadaceae , Bacteroidales_unclassified , Actinomycetales_unclassified , Firmicutes_unclassified , Peptostreptococcaceae и Bacillaceae_2 согласно RR.Эти различия в основном объяснялись способностью приписывать идентичность анализируемым последовательностям.

Обе базы данных кажутся взаимодополняющими, но поскольку некоторым последовательностям нельзя было присвоить идентичность с помощью Silva и они остались неизвестными, база данных RDP была сохранена для остальных анализов.

Обнаружение потенциальных патогенов и бактерий, вызывающих порчу

Потенциальные патогены и бактерии, вызывающие порчу цыплят, были обнаружены в фекалиях и на яичной скорлупе. Стадо считалось положительным, если хотя бы один образец фекалий или яичной скорлупы содержал родственную бактериальную последовательность.Процентное соотношение положительных стад, положительных образцов и относительной численности приведено в таблице 1. Наши результаты показывают, что в некоторых случаях процентное соотношение положительных стад, положительных образцов и относительной численности варьировалось в зависимости от типа образцов, фекалий или яичной скорлупы, а также бактериальной род. В большинстве случаев относительная численность этих родов была очень низкой: от 9,9 × 10 ^–1 для Staphylococcus до 3,4 × 10 ^–5 для Salmonella в образцах фекалий и от 1.7 × 10 ⁰ для Acinetobacter до 9,7 × 10 ^–4 для Listeria на яичной скорлупе. Интересно, что представители некоторых родов бактерий, а именно Acinetobacter , Campylobacter , Proteus и Salmonella , показали относительную численность в 100 раз больше на яичной скорлупе, чем в фекалиях, и представители Listeria и Pseudomonas. показал относительное обилие в 10 раз больше на яичной скорлупе, чем в фекалиях.

Таблица 1. Распределение потенциальных патогенов и родов бактерий, вызывающих порчу, в фекалиях и на яичной скорлупе согласно базе данных RDP.

Альфа- и бета-разнообразие

Всего 25 038 ОТЕ было обнаружено во всех 96 образцах фекалий и 168 образцах яичной скорлупы. Количество ОТЕ для 96 образцов фекалий варьировалось от 506 до 1608, в среднем 975 ОТЕ на образец. Аналогичным образом, количество OTU для 168 образцов яичной скорлупы варьировалось от 190 до 667, в среднем 358 OTU на образец.

Сравнения индексов альфа-разнообразия, Sobs, Inverse Simpson’s и Shannon even, между двумя посещениями, во время = День 0 и через 4 недели, для каждого из 12 стад и для обоих типов образцов, фекалий и яичной скорлупы. в Таблице 2. Было показано, что время стада и отбора проб оказывают значительное влияние на индексы альфа-разнообразия.

Таблица 2. Сравнение показателей альфа-разнообразия фекалий и яичной скорлупы в родительских стадах бройлеров в зависимости от времени и от стада.

Для бета-разнообразия индексы Jaccard и Yue & Clayton между двумя точками времени посещения, день 0 и через 4 недели, для каждого из 12 отобранных стад и для обоих типов образцов, фекалий и яичной скорлупы, перечислены в таблице. 3. Наши результаты показали, что время отбора проб и стадо оказали значительное влияние на индексы бета-разнообразия. Некоторые из матриц расстояний Жаккара были построены с использованием 2D NMDS, в котором образцы фекалий в день 0 и через 4 недели (рисунок 3A), образцы яичной скорлупы в день 0 и через 4 недели (рисунок 3B) и образцы фекалий и яичной скорлупы (рисунок 3C) были в сравнении.Все группы (День 0 против 4 недель, стадо против стада и фекалии против образцов яичной скорлупы) были статистически сравнены (таблица 3 и дополнительная таблица S3). Наши результаты показали, что фекальная микробиота и бактериальные сообщества яичной скорлупы значительно эволюционировали в течение 4-недельного интервала ( p <0,05) и были специфичными для стада ( p <0,001). Более того, микробиота фекалий и яичной скорлупы значительно различалась ( p <0,001). LEfSe использовался для выделения биомаркеров, которые были наиболее тесно связаны с каждым типом образца (оценка LDA [log 10]> 4).Было обнаружено шесть родов с высокими показателями LDA, указывающими на выраженное изобилие в фекалиях: Lactobacillus , Streptococcus , Romboutsia , Enterococcus , Turicibacter и Clostridium_sensu_stricto (Рисунок 9011 4). Аналогичным образом, было обнаружено семь родов с высокими показателями LDA, указывающими на выраженную численность на яичной скорлупе: Ruminococcaceae_ unclassified , Clostridiales_unclassified , Salinococcus , Lachnospiraceae_ unclassified , Braunclactus , ).

Таблица 3. Сравнение структуры микробиоты фекалий и яичной скорлупы в родительских стадах бройлеров в зависимости от времени и стада.

Рисунок 3. Примеры двухмерных графиков NMDS с использованием матриц расстояний Жаккара для сравнения (A) бета-разнообразия фекальной микробиоты родительского стада бройлеров в зависимости от времени отбора проб, день 0 и 4 недели; (B) бета-разнообразие микробиоты скорлупы яиц в зависимости от времени отбора проб, день 0 и 4 недели; и (C) общая микробиота в зависимости от типа образца, яичной скорлупы и фекалий.

Рис. 4. Сравнение фекальной микробиоты родительского стада и микробиоты яичной скорлупы с использованием LEfSe. Гистограмма оценок LDA для значительно различающихся биомаркеров среди групп (оценка LDA [log 10]> 4). Красный = кал, а синий = яичная скорлупа.

Перенос бактериальных сообществ

Диаграмма Венна была создана, чтобы показать количество OTU, общих или уникальных для фекалий и яичной скорлупы для обоих временных точек отбора проб: День 0 и 4 недели (Рисунок 5).В общей сложности 1790 OTU были общими для обоих типов образцов, фекалий и яичной скорлупы, и присутствовали в обоих временных точках отбора образцов (дополнительная таблица S5). Из них некоторые ОТЕ были обнаружены более 1000 раз и принадлежали к родам Lactobacillus , Brachybacterium , Staphylococcus , Lachnospiraceae_unclassified , Jeotgalicoccus , Bactericoccus , Baccoccus и Clostridiales_unclassified .Аналогичным образом, некоторые другие ОТЕ были обнаружены более 500 раз и принадлежали к родам Enterococcus , Yaniella и Brevibacterium , Romboutsia и Bacteria_unclassified .

Рисунок 5. Диаграмма Венна, показывающая общие OTU по группам. Сравнивались группы: (i) яичная скорлупа в день 0 исследования; (ii) яичная скорлупа через 4 недели; (iii) фекалии в день 0 исследования; (iv) и кал через 4 недели.

Последовательности, связанные с каждым из девяти потенциально патогенных и вызывающих порчу родов бактерий, перечисленных в таблице 1, наблюдались как в фекалиях, так и в образцах яичной скорлупы, по крайней мере, в одной из двух временных точек (данные не показаны).Стадо считалось положительным на наличие потенциально патогенных бактерий или бактерий, вызывающих порчу, если по крайней мере последовательность, связанная с этими бактериями, была идентифицирована в одном из четырех фекалий или в одном из семи образцов яичной скорлупы, соответственно. Стоит отметить, что в некоторых стадах некоторые последовательности, связанные с потенциально патогенными бактериями и бактериями, вызывающими порчу, а именно Acinetobacter , Listeria , Salmonella , Proteus и Campylobacter , были идентифицированы на яичной скорлупе, но не были обнаружены. в образцах кала (таблица 4).Например, для 58% отобранных стад некоторые последовательности, связанные с родом Campylobacter , были идентифицированы на яичной скорлупе, в то время как эти последовательности не были идентифицированы из родственных им проб фекалий. Однако 17% оставшихся стад содержали некоторые другие последовательности, связанные с Campylobacter как в образцах фекалий, так и в образцах яичной скорлупы.

Таблица 4. Процент стад, у которых последовательность рода ¹ была обнаружена * как в образцах яичной скорлупы, так и в образцах фекалий, и для которых последовательность рода ¹ была обнаружена * на яичной скорлупе, но отсутствовала в фекалиях.

Обсуждение

Наше исследование впервые описывает вклад микробиоты фекалий цыплят в формирование микробиоты, обнаруженной на яичной скорлупе на коммерческой ферме. Первым шагом к документированию переноса родительской микробиоты в яичную скорлупу было описание структуры бактериального сообщества как фекалий, так и яичной скорлупы, информации, которая отсутствовала в научной литературе. Кроме того, наш анализ микробиоты фекалий и яичной скорлупы родительского стада был проведен в двух точках отбора проб и между разными стадами.

Фекальная микробиота родительского стада в основном (> 90%) состояла из представителей филы Firmicutes, Actinobacteria, Proteobacteria и Bacteroidetes. Аналогичные результаты были получены для диких птиц (Banks et al., 2009; Lu et al., 2009), кур-несушек (Videnska et al., 2013, 2014) и цыплят-бройлеров (Kaakoush et al., 2014; Videnska et al. ., 2014; Pauwels et al., 2015; Hou et al., 2016). В дополнение к этим 4 основным типам, 19 других типов были идентифицированы из собранных образцов фекалий в нашем исследовании, в том числе некоторые типы, никогда ранее не описанные, а именно Elusimicrobia, Nitrospirae, Planctomycetes, Saccharibacteria и Hydrogenedentes.

Наши результаты показали, что Lactobacillaceae было наиболее доминирующим семейством, обнаруженным в фекалиях, что согласуется с работами других авторов, описавших кишечную микробиоту цыплят-бройлеров (Forgetta et al., 2012; Kaakoush et al., 2014; Pauwels et al., 2015; Stanley et al., 2015; Oakley, Kogut, 2016; Yan et al., 2017). Роль Lactobacillaceae в улучшении здоровья кишечника птиц посредством модуляции иммунной системы (De Maesschalck et al., 2015) предполагает, что птицы с более высокой относительной численностью этого семейства в пределах разнообразной микробиоты могут быть более здоровыми, чем птицы с более низким содержанием Lactobacillaceae (Singh et al., 2012; Deusch et al., 2015). Streptococcaceae и Peptostreptococcaceae также были самыми многочисленными семействами в Firmicutes, что согласуется с Kaakoush et al. (2014). Однако Ruminococcaceae представляли только 1% семейств, идентифицированных в настоящей работе, что противоречит результатам других, которые показали, что это семейство доминирует в фекалиях цыплят-бройлеров (Singh et al., 2012; Kaakoush et al., 2014; Виденска и др., 2014). Некоторые исследования показали, что присутствие Ruminococcaceae отрицательно коррелировало с коэффициентом конверсии корма птиц и, следовательно, с привесом (Singh et al., 2012; Menni et al., 2017). Родители бройлеров отбираются генетически по их высокому индексу конверсии, что подтверждает тот факт, что птицы, отобранные в нашем исследовании, имели низкую долю Ruminococcaceae в их фекальной микробиоте. Наши результаты также показали, что Enterobacteriaceae , Corynebacteriaceae и Bacteroidaceae доминировали, соответственно, над типами Proteobacteria, Actinobacteria и Bacteroidetes, что также было сделано другими исследователями (Singh et al., 2012; Kaakoush et al., 2014; Виденска и др., 2014). В дополнение к подтверждению информации нескольких исследований микробиоты фекалий птиц, наши результаты также показали большее богатство бактериального сообщества.

Большая часть опубликованной информации о микробиоте яичной скорлупы получена в результате исследований на основе культур. Сообщалось, что чистая яичная скорлупа содержала 10 ³ бактерий на одно яйцо (Sauveur, 1978). Лишь в нескольких исследованиях изучалась микробиота яичной скорлупы с использованием независимой от культуры методологии высокопроизводительного секвенирования (Shawkey et al., 2009; Ли и др., 2014; Neira et al., 2017; Van Veelen et al., 2018). Наша работа идентифицировала в общей сложности 37 типов с поверхности куриной яичной скорлупы. Об аналогичном содержании яиц, отложенных дикими птицами (Shawkey et al., 2009; Lee et al., 2014), сообщалось о более низком содержании — 22 типа — для яиц, откладываемых промышленными курами-несушками, живущими в условиях свободного выгула. окружающей среды (Neira et al., 2017). Наша работа также показала, что более 90% микробиоты яичной скорлупы было представлено представителями филюмов Firmicutes, Actinobacteria, Proteobacteria и Bacteroidetes, которые также были идентифицированы как доминирующие типы в проанализированных образцах кала.Об аналогичном составе микробиоты сообщалось также в скорлупе яиц диких птиц (Lee et al., 2014) и кур-несушек, обитающих на свободном выгуле (Neira et al., 2017). Интересно, что для кур, содержащихся в клетках (Neira et al., 2017), фузобактерии были зарегистрированы как второй преобладающий тип, что предполагает роль системы содержания кур в основных сообществах бактерий яичной скорлупы. За исключением двух типов, а именно Nitrospinae и Thermodesulfobacteria, филы, описанные Neira et al. (2017) также были выявлены в настоящем исследовании.Кроме того, наша работа выявила 10 типов, которые никогда не были связаны с яичной скорлупой, а именно Candidatus Saccharibacteria, Euryarchaeota, Parcubacteria, SR1, Thaumarchaeota, FBP, RsaHf231, TM6_ (Dependentiae), BJ-169 и Candidate_division_WPS-1.

Наши результаты показали, что в отобранных образцах яичной скорлупы было обнаружено по крайней мере 257 семейств, и это богатство аналогично тому, о котором сообщалось для яичной скорлупы диких птиц (Shawkey et al., 2009). Однако идентичность основных семейств явно различалась в нашем и их исследовании.Наша работа показала, что Ruminococcaceae было самым многочисленным членом Firmicutes, а Lachnospiraceae было доминирующим семейством в работе Neira et al. (2017) о птицах на свободном выгуле. Насколько нам известно, некоторые из основных семейств, идентифицированных в нашем исследовании, никогда не описывались на яичной скорлупе, например, Bacillaceae_2 , Family_XI и Mollicutes_RF9_fa . Такие факторы, как порода, производственная система и процедура отбора проб, могут влиять на эти различия (Neira et al., 2017).

В нашем исследовании потенциальные патогены животных и человека (Lu et al., 2003; Hameed and Amin, 2010; Crespo et al., 2013; Nasrin et al., 2013; Thomas et al., 2013; Ebringer and Rashid, 2014) ; Humphrey et al., 2014; Rouger et al., 2017), а бактерии порчи (Techer et al., 2013; Neira et al., 2017), идентифицированные на уровне рода, были обнаружены как в образцах фекалий, так и в образцах яичной скорлупы. проанализированы. Даже если большинство родов присутствуют в небольших количествах, они могут иметь важные последствия для здоровья животных и, в конечном итоге, для здоровья населения.Что касается фекалий, исследования, проведенные на цыплятах-бройлерах, также выявили некоторые из этих родов в фекалиях (Chien et al., 2011; Singh et al., 2012; Yan et al., 2017) или в образцах слепой кишки (Zhu et al., 2002) с различная относительная численность. Яичная скорлупа кур-несушек представляла эти роды с различной относительной численностью (Neira et al., 2017) или коэффициентами обнаружения (Cook et al., 2003; Jones et al., 2012). Интересно, что согласно нашим результатам, некоторые роды были чрезмерно представлены в микробных сообществах яичной скорлупы по сравнению с фекальными.Принимая во внимание, что фекальные бактериальные сообщества способствуют загрязнению яичной скорлупы, это чрезмерное представительство предполагает негомогенный перенос, что, возможно, свидетельствует о бактериальном отборе. Факторы, способствующие селективному переносу и выживанию конкретных бактериальных таксонов на яичной скорлупе, требуют дальнейшего изучения, возможно, с помощью методов, зависящих от культивирования, для подтверждения выживаемости и предоставления средств для исследования признаков, способствующих выживанию.

На альфа-разнообразие микробиоты фекалий и яичной скорлупы по-разному влияли время отбора проб и поголовье.Для фекалий изменения альфа-разнообразия подтверждались только индексом рыданий и только для некоторых конкретных стад. О значительных изменениях в численности и разнообразии сообществ в двух точках отбора проб ранее сообщалось в исследовании, проведенном на цыплятах-бройлерах (Oakley and Kogut, 2016). Эти различия позволяют предположить, что альфа-разнообразие фекальной микробиоты более стабильно у взрослых кур-несушек, чем у молодых цыплят. Что касается яичной скорлупы, оказалось, что на альфа-разнообразие сильно влияет стадо и, в меньшей степени, время отбора проб — наблюдение, о котором ранее не сообщалось.Наблюдались различия между стадами, содержащимися на одной ферме (дополнительная таблица S3), что подчеркивает тот факт, что стадо как переменную должно приниматься во внимание при планировании экспериментов по микробиоте, которые будут использоваться для ответа на точный вопрос исследования.

Мы также показали, что на бета-разнообразие фекалий и микробиоты яичной скорлупы влияет как время отбора проб, так и стадо. Что касается фекалий, то в некоторых исследованиях сообщалось о значительных различиях во времени для фекальной микробиоты цыплят-бройлеров (Van Der Wielen et al., 2002; Секеля и др., 2012; Oakley, Kogut, 2016), но этот параметр не исследовался на взрослых несушках. Некоторые авторы сообщают о колебаниях между стадом для промышленных кур-несушек (Videnska et al., 2013) и цыплят-бройлеров (Kaakoush et al., 2014; Hou et al., 2016). Эти колебания были связаны с различными параметрами, такими как происхождение птиц (Videnska et al., 2014) и тип подстилки или корма (Stanley et al., 2015). В нашем исследовании различия во времени подтверждались наличием второстепенных сообществ в соответствии с индексом Жаккара, который учитывает наличие или отсутствие определенных OTU, что очень важно при рассмотрении патогенных бактерий.Для яичной скорлупы наши результаты впервые показали эволюцию структуры микробиоты поверхности яйца в пределах определенного стада за 4-недельный интервал. С коммерческой точки зрения наши результаты показали, что вылупившиеся цыплята могут подвергаться воздействию различных бактериальных популяций, в зависимости от стада происхождения и момента яйцекладки.

Более того, согласно LEfSe, OTU, классифицированные как роды Lactobacillus и Streptococcus , были идентифицированы как биомаркеры фекальной микробиоты.Эти результаты подтверждают гипотезу отбора во время переноса микробиоты, возможно, из-за различной способности некоторых бактерий прикрепляться к поверхности яичной скорлупы или выживать на ней.

Эти анализы также могут свидетельствовать о том, что некоторые OTU, обнаруженные на яичной скорлупе, произошли не от фекалий. Большинство ОТЕ, систематически общих между фекалиями и яичной скорлупой, ранее сообщалось из желудочно-кишечного тракта и / или в фекалиях цыплят-бройлеров (Lu et al., 2003; Hou et al., 2016; Le Gall-David et al., 2017; Qiao et al., 2018). Другие были также обнаружены в образцах из окружающей среды птицефабрик, особенно в образцах воздуха, подстилки и пыли (Collins et al., 1988; Weidhaas et al., 2010; Martin et al., 2011; O’Brien et al., 2016). Недавнее исследование с участием воробьиных птиц показало, что в скорлупе яиц богаче и разнообразнее бактериальные сообщества, чем в клоаке самок. Эти авторы определили, что бактериальные сообщества кожи и пера являются основными участниками микробиоты яичной скорлупы (Van Veelen et al., 2018). Другое исследование, проведенное на евразийской сороке, показало, что на микробиоту яичной скорлупы в значительной степени влияли микроорганизмы, обнаруженные в гнездах (особенно перья), тогда как материнский кишечник или клоака, по-видимому, вносили незначительный вклад (Lee et al., 2014). В нашем исследовании родительских стад бройлеров 1790 общих OTU представляли 31% OTU, обнаруженных в образцах яичной скорлупы, и 15% OTU, обнаруженных в образцах фекалий, что снова указывает на то, что источники, кроме фекалий, могут способствовать микробиоте, обнаруженной на яичной скорлупе в коммерческих целях. кур-заводчиков.

Для многочисленных ОТЕ, обнаруженных на яичной скорлупе, включая потенциально патогенные бактерии, например, Listeria , Salmonella , Proteus и Campylobacter , их присутствие на поверхности яйца не может быть объяснено их присутствием в фекалиях, что предполагает снова экологический вклад. Исследование на диких птицах показало, что забота родителей может повлиять на микробиоту яичной скорлупы, защищая яйцо за счет увеличения численности некоторых бактерий, продуцирующих антибиотики, например.g., Bacillus , на яичной скорлупе или путем переноса этих бактерий с их перьев (Lee et al., 2014). Поскольку птицеводство и окружающая его среда являются благоприятным резервуаром для Proteus (Yeh et al., 2018), Listeria (Dahshan et al., 2016), Salmonella и Campylobacter (Jones et al. , 2016), улучшенные меры биобезопасности будут способствовать предотвращению колонизации вылупившихся птенцов патогенами, загрязняющими скорлупу яиц.

Настоящее исследование выявило несколько потенциальных патогенов и бактерий порчи, которые были общими между фекалиями родительского стада и поверхностью их отложенных яиц, таких как Acinetobacter , Campylobacter , Escherichia , Helicobacter , Listeria , Listeria , Proteus , Salmonella и Staphylococcus . В отношении Campylobacter недавние исследования, проведенные на курах-несушках, также сообщили об этом совместном использовании для птиц, живущих в бесклеточных системах (Jones et al., 2016). В недавнем исследовании сообщается о передаче Escherichia от родителей-производителей (образцы фекалий) в скорлупу отложенных ими яиц (Projahn et al., 2016). В отношении Salmonella известно, что бактерия может загрязнять яичную скорлупу, а для некоторых серотипов — внутреннюю часть яиц через инфекцию репродуктивного тракта или фекалий курицы (Gantois et al., 2009). Для Pseudomonas сообщалось, что водянистое содержание фекалий, загрязняющих поверхность яйца, увеличивает способность бактерий переваривать кутикулу, обеспечивая бактериям лучший доступ к порам и, следовательно, увеличивая риски внутренних заражение яйца патогенами (Cook et al., 2003, 2005). Учитывая возможное участие этих бактерий в заболеваниях или порче пищевых продуктов, такое совместное использование имеет значение как с точки зрения здоровья птиц, так и с точки зрения сохранения яиц и безопасности пищевых продуктов.

Заключение

Наше исследование впервые задокументировало вклад фекальной микробиоты коммерческих производителей бройлеров в формирование микробиоты, обнаруживаемой на поверхности их отложенных яиц. Эта работа также предоставила первое описание микробиоты фекалий и яичной скорлупы родительских стад бройлеров с использованием методологии высокопроизводительного секвенирования.Наши результаты показали, что эти микробиомы эволюционировали с течением времени и варьировались от стада в этих условиях. Наши результаты также показали, что присутствие потенциально патогенных бактерий на яичной скорлупе не всегда связано с их присутствием в фекалиях. Поэтому важно, чтобы все заинтересованные стороны, включая производителей, заводчиков, ветеринаров, инспекторов и исследователей, были осведомлены о микроорганизмах, присутствующих в производственной цепочке родительского стада бройлеров, чтобы лучше управлять рисками для домашней птицы и здоровья населения.

Заявление о доступности данных

Наборы данных, созданные для этого исследования, можно найти в необработанных последовательностях, которые можно найти в базе данных CNBI SRA под номером доступа PRJNA602334.

Заявление об этике

Эксперименты, представленные в этой рукописи, не требовали одобрения этического комитета, поскольку они не включали манипуляции с птицами. При каждом посещении соблюдались строгие меры биобезопасности, и все отборы проб производились в соответствии с и под наблюдением представителя посещенных предприятий.Свежевыпущенные фекалии собирали без манипуляций с птицами и осторожно отбирали образцы яиц.

Авторские взносы

AT, M-LG и PF разработали эксперименты. ST проводил эксперименты. ST, AT и PF проанализировали результаты. ST, AT, M-LG, J-CC и PF обсудили результаты и написали рукопись.

Финансирование

Мы хотели бы поблагодарить Совет по естественным наукам и инженерным исследованиям Канады (NSERC), JEFO Nutrition Inc. и Квебекский консорциум по исследованиям и инновациям в области промышленных биопроцессов (CRIBIQ), всех финансовых партнеров кафедры промышленных исследований по безопасности мяса.Авторы заявляют, что это исследование получило финансирование от JEFO Nutrition Inc. Финансирующее лицо принимало участие в исследовании следующим образом: предоставило исследовательский вопрос и просмотрело рукопись, но не участвовало в планировании исследования, сборе и анализе данных, а также в решении о публикации.

Конфликт интересов

Авторы заявляют, что исследование проводилось при отсутствии каких-либо коммерческих или финансовых отношений, которые могут быть истолкованы как потенциальный конфликт интересов.

Благодарности

Эти результаты были получены во время обучения в магистратуре Сандрин Трюдо в Монреальском университете (Trudeau, 2019). Ее мемуары, содержащие первую неотредактированную версию текущей рукописи, могут быть свободно доступны здесь: http://hdl.handle.net/1866/22620. Мы благодарим Людовика Лахайе и Бенуа Лантье из JEFO Nutrition Inc. за их сотрудничество и La Coop fédérée за их участие.

Дополнительные материалы

Дополнительные материалы к этой статье можно найти в Интернете по адресу: https: // www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2020.00666/full#supplementary-material

ТАБЛИЦА S1 | Информация о родительском стаде бройлеров.

ТАБЛИЦА S2 | Всего типов, семейств и родов, обнаруженных в образцах фекалий и / или яичной скорлупы, согласно базам данных Silva и RDP.

ТАБЛИЦА S3 | Сравнение структуры микробиоты (A), фекалий и (B) яичной скорлупы в родительских стадах бройлеров в зависимости от стада с использованием индексов Jaccard и Yue & Clayton.

ТАБЛИЦА S4 | Относительная численность родов по выборкам на уровне рода в оба периода выборки.

ТАБЛИЦА S5 | Таксономическая идентификация и количество последовательностей, связанных с OTU, систематически разделяемых в образцах фекалий и яичной скорлупы, согласно базам данных Silva и RDP.

Сноски

Список литературы

Апаялахти Дж., Кеттунен А. и Грэм Х. (2004). Характеристики микробных сообществ желудочно-кишечного тракта с особым упором на курицу. World Poult. Sci. J. 60, 223–232. DOI: 10.1079 / WPS20040017

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Капорасо, Дж. Г., Лаубер, К. Л., Уолтерс, В. А., Берг-Лайонс, Д., Хантли, Дж., Фирер, Н. и др. (2012). Сверхвысокопроизводительный анализ микробного сообщества на платформах Illumina HiSeq и MiSeq. ISME J. 6, 1621–1624. DOI: 10.1038 / ismej.2012.8

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Chemaly, M., Huneau-Salaün, A., Лаббе, А., Хаудайер, К., Пететин, И., и Фравало, П. (2009). Выделение Salmonella enterica в стадах кур-несушек и оценка загрязнения яичной скорлупы во Франции. J. Food Prot. 72, 2071–2077. DOI: 10.4315 / 0362-028X-72.10.2071

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Chien, Y.-C., Chen, C.-J., Lin, T.-H., Chen, S.-H., and Chien, Y.-C. (2011). Характеристики микробных аэрозолей, выделяемых из фекалий цыплят и свиней. Дж.Air Waste Manag. Доц. 61, 882–889. DOI: 10.3155 / 1047-3289.61.8.882

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Коллинз М. Д., Браун Дж. И Джонс Д. (1988). Brachybacterium faecium gen. nov., sp. nov., коринеформная бактерия из глубокого помета домашней птицы. Междунар. J. Syst. Evol. Microbiol. 38, 45–48. DOI: 10.1099 / 00207713-38-1-45

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Кук, М. И., Бейсинджер, С. Р., Торанзос, Г. А., Арендт, В. Дж. (2005). Инкубация снижает рост микробов на яичной скорлупе и снижает вероятность заражения через скорлупу. Ecol. Lett. 8, 532–537. DOI: 10.1111 / j.1461-0248.2005.00748.x

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Кук, М. И., Бейсинджер, С. Р., Торанзос, Г. А., Родригес, Р. А., и Арендт, В. Дж. (2003). Инфицирование через скорлупу патогенными микроорганизмами сокращает срок хранения неинкубированных птичьих яиц: ограничение на начало инкубации? Proc.Биол. Sci. 270, 2233–2240. DOI: 10.1098 / rspb.2003.2508

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Кокс, Н. А., Бейли, Дж. С., Берранг, М. Э. и Молдин, Дж. М. (1997). Снижение заболеваемости и уровня Salmonella e в коммерческих инкубаториях для бройлеров. J. Appl. Пол. Res. 6, 90–93. DOI: 10.1093 / japr / 6.1.90

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Дахшан, Х., Мервад, А.М.А., и Мохамед, Т.С. (2016).Виды листерий на бройлерных птицеводческих фермах: потенциальная опасность для здоровья населения. J. Microbiol. Biotechnol. 26, 1551–1556. DOI: 10.4014 / jmb.1603.03075

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

De Maesschalck, C., Eeckhaut, V., Maertens, L., De Lange, L., Marchal, L., Nezer, C., et al. (2015). Влияние ксило-олигосахаридов на продуктивность цыплят-бройлеров и микробиоту. Заявл. Environ. Microbiol. 81, 5880–5888. DOI: 10.1128 / AEM.01616-15

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Deusch, S., Тилокка, Б., Камаринья-Силва, А., и Зейферт, Дж. (2015). Новости животноводства — использование Omics-технологий для изучения микробиоты желудочно-кишечного тракта сельскохозяйственных животных. Comput. Struct. Biotechnol. J. 13, 55–63. DOI: 10.1016 / j.csbj.2014.12.005

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Форжетта, В., Ремпель, Х., Малуин, Ф., Вайланкур, Р. мл., И Топп, Э. (2012). Патогенная и множественная лекарственная устойчивость Escherichia fergusonii от цыплят-бройлеров. Пульт. Sci. 91, 512–525. DOI: 10.3382 / пс.2011-01738

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Gantois, I., Ducatelle, R., Pasmans, F., Haesebrouck, F., Gast, R., Humphrey, T. J., et al. (2009). Механизмы заражения яиц Salmonella Enteritidis. FEMS Microbiol. Ред. 33, 718–738. DOI: 10.1111 / j.1574-6976.2008.00161.x

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Главиц, Р.Р. Ф., Фехервари Т. и Повацсан Дж. (1984). Патологические исследования на куриных эмбрионах и суточных цыплятах, экспериментально инфицированных Salmonella typhimurium и Staphylococcus aureus . Acta Vet. Висела. 32, 39–49.

Google Scholar

Gong, J., Si, W., Forster, R.J., Huang, R., Yu, H., Yin, Y., et al. (2007). Генетический анализ 16S рРНК бактериального сообщества и филогении слизистой оболочки желудочно-кишечного тракта кур: от сельскохозяйственных культур до слепой кишки. FEMS Microbiol. Ecol. 59, 147–157. DOI: 10.1111 / j.1574-6941.2006.00193.x

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Хамид, К. Г. А., Амин, В. Ф. (2010). Использование ПЦР для идентификации видов Helicobacter в куриных яйцах. Вет. Мир 3, 404–408.

Google Scholar

Hou, Q., Kwok, L.-Y., Zheng, Y., Wang, L., Guo, Z., Zhang, J., et al. (2016). Дифференциальная фекальная микробиота сохраняется в линиях цыплят-бройлеров, различающихся по признакам упитанности. Sci. Rep. 6, 37376–37376. DOI: 10.1038 / srep37376

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Хамфри, С., Чалонер, Г., Кеммет, К., Дэвидсон, Н., Уильямс, Н., Кипар, А. и др. (2014). Campylobacter jejuni — это не просто комменсал у коммерческих цыплят-бройлеров, он влияет на благополучие птицы. мБио 5: e1364. DOI: 10.1128 / mBio.01364-14

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Им, М. К., Чон, С.Дж., Квон, Ю.-К., Чон, О.-М., Кан, М.-С., и Ли, Ю. Дж. (2015). Распространенность и характеристики Salmonella spp. изолирован от коммерческих несушек в Корее. Пульт. Sci. 94, 1691–1698. DOI: 10.3382 / пс / pev137

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Джонс, Д. Р., Гард, Дж., Гаст, Р. К., Бур, Р. Дж., Федорка-Крей, П. Дж., Абдо, З. и др. (2016). Влияние коммерческих систем содержания кур-несушек на заболеваемость и идентификацию Salmonella и Campylobacter . Пульт. Sci. 95, 1116–1124. DOI: 10.3382 / пс / pew036

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Каакуш, Н. О., Содхи, Н., Чену, Дж. У., Кокс, Дж. М., Риордан, С. М., и Митчелл, Х. М. (2014). Взаимодействие между видами Campylobacter и Helicobacter и другой кишечной микробиотой коммерческих цыплят-бройлеров. Gut Pathog. 6:18. DOI: 10.1186 / 1757-4749-6-18

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Кнарреборг, А., Саймон, М. А., Энгберг, Р. М., Дженсен, Б. Б., и Тэннок, Г. В. (2002). Влияние диетического источника жира и субтерапевтических уровней антибиотика на бактериальное сообщество подвздошной кишки цыплят-бройлеров в разном возрасте. Заявл. Environ. Microbiol. 68, 5918–5924. DOI: 10.1128 / AEM.68.12.5918-5924.2002

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ле Галл-Давид, С., Мерик, В., Бензони, Г., Вальер, С., Гийонварч, А., Минет, Дж., И др. (2017). Влияние цеолита на микробиоту тонкого кишечника цыплят-бройлеров: тематическое исследование. Food Nutr. Sci. 8, 163–188. DOI: 10.4236 / fns.2017.81011

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ли, В. Ю., Ким, М., Яблонски, П. Г., Чоу, Дж. К., и Ли, С.-И. (2014). Влияние инкубации на бактериальные сообщества скорлупы у птицы умеренного климата — евразийской сороки (Pica pica). PLoS One 9: e103959. DOI: 10.1371 / journal.pone.0103959

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Лисон, С., Саммерс, Дж.(2005). Commercial Poultry Nutrition. Ноттингем: издательство Ноттингемского университета.

Google Scholar

Лу, Дж., Идрис, У., Хармон, Б., Хофакр, К., Маурер, Дж. Дж., И Ли, М. Д. (2003). Разнообразие и преемственность кишечного бактериального сообщества созревающих цыплят-бройлеров. Заявл. Environ. Microbiol. 69, 6816–6824. DOI: 10.1128 / AEM.69.11.6816-6824.2003

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Лу, Дж., Санто-Доминго, Дж.У., Хилл, С., Эдж, Т.А. (2009). Микробное разнообразие и специфические для хозяина последовательности фекалий канадских казарок. Заявл. Environ. Microbiol. 75, 5919–5926. DOI: 10.1128 / AEM.00462-09

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Мартин Э., Клуг К., Фришманн А., Буссе Х.-Й., Кемпфер П. и Йекель У. (2011). Jeotgalicoccus coquinae sp. ноя и Jeotgalicoccus aerolatus sp. nov., изолированные от птичников. Междунар.J. Syst. Evol. Microbiol. 61, 237–241. DOI: 10.1099 / ijs.0.021675-0

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Менни, К., Джексон, М. А., Паллистер, Т., Стивс, К. Дж., Спектор, Т. Д., и Вальдес, А. М. (2017). Разнообразие кишечного микробиома и высокое потребление клетчатки связаны с более низким долгосрочным набором веса. Междунар. J. Ожирение 41, 1099–1105. DOI: 10.1038 / ijo.2017.66

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Насрин, С., Ислам, М.А., Хатун, М., Ахтер, Л., и Султана, С. (2013). Характеристика бактерий, вызывающих омфалит у цыплят. Bangladesh Vet. 29, 63–68. DOI: 10.3329 / bvet.v29i2.14344

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Нейра, К., Лака, А., Лака, А., и Диас, М. (2017). Разнообразие микробов коммерческих яиц под влиянием производственной системы. Первый подход с использованием PGM. Междунар. J. Food Microbiol. 262, 3–7. DOI: 10.1016 / j.ijfoodmicro.2017.09.008

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Окли Б. Б., Когут М. Х. (2016). Пространственные и временные изменения в микробиомах слепой кишки и фекалий цыплят-бройлеров и корреляции бактериальных таксонов с экспрессией генов цитокинов. Фронт. Вет. Sci. 3:11. DOI: 10.3389 / fvets.2016.00011

CrossRef Полный текст | Google Scholar

О’Брайен, К.М., Чименти, М.С., Фарнелл, М., Таблер, Т., Бэйр, Т., Брей, Дж. Л. и др.(2016). Высокопроизводительное геномное секвенирование биоаэрозолей на предприятиях по производству цыплят-бройлеров. Microb. Biotechnol. 9, 782–791. DOI: 10.1111 / 1751-7915.12380

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Пауэлс, Дж., Таминиау, Б., Янссенс, Г. П. Дж., Де Бенхауэр, М., Делхалле, Л., Даубе, Г., и др. (2015). Капля слепой кишки отражает микробиом слепой кишки цыплят, а капля кала — нет. J. Microbiol. Методы 117, 164–170. DOI: 10.1016 / j.мимет.2015.08.006

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Поульсен, Л. Л., Тёфнер, И., Бисгаард, М., Олсен, Р. Х., Кристенсен, Дж. П., и Кристенсен, Х. (2017). Staphylococcus agnetis, потенциальный патоген у родительских стад бройлеров. Вет. Microbiol. 212, 1–6. DOI: 10.1016 / j.vetmic.2017.10.018

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Projahn, M., Daehre, K., Roesler, U., and Friese, A. (2016). Энтеробактерии, продуцирующие цефамициназу с расширенным спектром бета-лактамаз и плазмид в инкубатории для бройлеров, как потенциальный способ псевдовертикальной передачи. Заявл. Environ. Microbiol. 83: e02364-16. DOI: 10.1128 / AEM.02364-16

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Цяо, Х., Чжан, Л., Ши, Х., Сун, Ю., и Бянь, К. (2018). Астрагал влияет на микробный состав фекалий молодых кур, что определяется секвенированием 16S рРНК. AMB Express 8:70. DOI: 10.1186 / s13568-018-0600-9

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Куорлз, К. Л., Джентри, Р. Ф.и Бресслер Г. О. (1970). Бактериальное заражение в птичниках и его связь с выводимостью яиц. Пульт. Sci. 49, 60–66. DOI: 10.3382 / пс.04

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Совер, Б. (1978). La qualité des oeufs objet de recherches françaises. Cahiers Nutr. Diététique 8, 35–45.

Google Scholar

Секеля М., Руд И., Кнутсен С. Х., Денстадли В., Вестеренг Б., Наес Т. и др. (2012).Резкие временные колебания микробиоты фекалий цыплят объясняются его желудочно-кишечным происхождением. Заявл. Environ. Microbiol. 78, 2941–2948. DOI: 10.1128 / AEM.05391-11

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Шоуки, М. Д., Файерстоун, М. К., Броди, Э. Л. и Бейсинджер, С. Р. (2009). Инкубация птиц препятствует росту и разнообразию скоплений бактерий на яйцах. PLoS One 4: e4522. DOI: 10.1371 / journal.pone.0004522

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Сингх, К.М., Шах, Т., и Дешпанде, С. (2012). Высокопроизводительный пиросеквенирующий анализ фекальной микробиоты на основе гена 16S рРНК бройлеров, выращивающих бройлеры с высоким и низким FCR. Мол. Биол. Отчет 39: 10595. DOI: 10.1007 / s11033-012-1947-7

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Сиварамалингам, Т., Перл, Д. Л., Макевен, С. А., Ойкич, Д., и Герен, М. Т. (2013). Временное исследование сероваров Salmonella из образцов пуха из птицеводческих заводов Онтарио в период с 1998 по 2008 год. Банка. J. Vet. Res. 77, 12–23.

Google Scholar

Спаркс, Н. Х. С. и Борд, Р. Г. (1985). Проникновение бактерий в недавно отложившуюся скорлупу куриных яиц. Aust. Вет. J. 62, 169–170. DOI: 10.1111 / j.1751-0813.1985.tb07281.x

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Стэнли Д., Гейер М. С., Чен Х., Хьюз Р. Дж. И Мур Р. Дж. (2015). Сравнение микробиоты кала и слепой кишки показывает качественное сходство, но количественные различия. BMC Microbiol. 15:51. DOI: 10.1186 / s12866-015-0388-6

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Течер К., Барон Ф. и Ян С. (2013). Микробная порча яиц и яичных продуктов. World Poult. Sci. J. 69, 1–6.

Google Scholar

Томас, М. К., Мюррей, Р., Флокхарт, Л., Пинтар, К., Поллари, Ф., Фазил, А. и др. (2013). Оценки бремени болезней пищевого происхождения в Канаде для 30 определенных патогенов и неуказанных агентов, примерно 2006 г. Пищевой патоген. Дис. 10, 639–648. DOI: 10.1089 / fpd.2012.1389

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Трюдо, С. (2019). Le Transfert de L’écosystème Microbien Fécal Des Oiseaux Contribue À L’établissement Du Microbiote De Surface Des Oeufs Pondus: Application aux Oiseaux Reproducteurs De Poulet De Chair. Нью-Йорк, Нью-Йорк: Mémoire Université de Montréal.

Google Scholar

Van Der Wielen, P. W. J. J., Keuzenkamp, ​​D.А., Липман, Л. Дж. А., Ван Кнапен, Ф., и Бистервельд, С. (2002). Пространственные и временные изменения кишечного бактериального сообщества у коммерческих цыплят-бройлеров во время роста. Microb. Ecol. 44, 286–293. DOI: 10.1007 / s00248-002-2015-y

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ван Веелен, Х. П. Дж., Саллес, Дж. Ф., и Тилеман, Б. И. (2018). Сборка микробиома птичьей яичной скорлупы и их потенциал в качестве трансгенерационных переносчиков материнской микробиоты. ISME J. 12, 1375–1388. DOI: 10.1038 / s41396-018-0067-3

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Виденска П., Фалдынова М., Юрикова Х., Бабак В., Сисак Ф., Гавличкова Х. и др. (2013). Микробиота фекалий цыплят и нарушения, вызванные однократной или многократной терапией тетрациклином и стрептомицином. BMC Vet. Res. 9:30. DOI: 10.1186 / 1746-6148-9-30

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Виденская, П., Рахман, М. М., Фалдынова, М., Бабак, В., Матулова, М. Э., Прукнер-Радовчич, Э. и др. (2014). Характеристика микробиоты фекалий кур-несушек и бройлеров на птицефабриках Венгрии, Словении и Хорватии. PLoS One 9: e110076. DOI: 10.1371 / journal.pone.0110076

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Вейдхаас, Дж. Л., Макбет, Т. В., Олсен, Р. Л., Садовски, М. Дж., Норат, Д., и Харвуд, В. Дж. (2010). Идентификация маркерного гена Brevibacterium, специфичного для помета домашней птицы, и разработка количественного ПЦР-анализа. J. Appl. Microbiol. 109, 334–347. DOI: 10.1111 / j.1365-2672.2010.04666.x

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ян, В., Сун, К., Юань, Дж., И Ян, Н. (2017). Метагеномный анализ кишечника показывает важную роль лактобацилл и микробиоты слепой кишки в эффективности корма для кур. Sci. Отчет 7: 45308. DOI: 10.1038 / srep45308

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Йе, Х.-Й., Лайн, Дж. Э., Хинтон, А.Младший (2018). Молекулярный анализ, биохимическая характеристика, антимикробная активность и иммунологический анализ Proteus mirabilis , выделенного из бройлеров. J. Food Sci. 83, 770–779. DOI: 10.1111 / 1750-3841.14056

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Чжу, X. Y., Чжун, T., Pandya, Y., и Joerger, R.D (2002). Анализ микробиоты слепой кишки цыплят-бройлеров на основе 16S рРНК. Заявл. Environ. Microbiol. 68, 124–137.DOI: 10.1128 / AEM.68.1.124-137.2002

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Селекция для повышения эффективности цыплят-бройлеров: обзор

CAS Статья PubMed Google ученый

CAS Статья PubMed Google ученый